從調研和基層反映情況看，當前鄉村產業發展也面臨不少困難和問題。
一、發展質量效益不高。
多數鄉村企業科技創新能力不強，特別是農產品加工創新能力不足，工藝水平落后于發達國家。產品供給仍以大路貨為主，優質綠色農產品占比較低，休閑旅游普遍存在同質化現象，缺乏小眾類、精準化、中高端產品和服務，品牌溢價有限。鄉村產業聚集度較低，僅有28％的鄉村產業集中在各類園區。
二、產業要素活力不足。
鄉村產業穩定的資金投入機制尚未建立，金融服務仍明顯不足，土地出讓金用于農業農村比例偏低。農村資源變資產的渠道尚未打通，阻礙了金融資本和社會資本進入鄉村產業。農村土地空閑、低效、粗放利用和新產業新業態發展用地供給不足并存。農村人才缺乏，科技、經營等各類人才服務鄉村產業的激勵保障機制尚不健全。
三、產業鏈條仍然較短。
◆ 一產向后延伸不充分，多以供應原料為主，從產地到餐桌的鏈條不健全。
◆ 二產連兩頭不緊密，農產品精深加工不足，副產物綜合利用程度低，農產品加工轉化率僅為65％，比發達國家低20個百分點。
◆ 三產發育不足，農村生產生活服務能力不強。產業融合層次低，鄉村價值功能開發不充分，農戶和企業間的利益聯結還不緊密。
四、產業基礎設施仍然薄弱。
一些農村供水、供電、供氣條件差，道路、網絡通訊、倉儲物流等設施未實現全覆蓋。產地批發市場、產銷對接、鮮活農產品直銷網點等設施相對落后，物流經營成本高。農村垃圾集收運和污水處理能力有限，先進技術要素向鄉村擴散滲透力不強。鄉村產業發展的環境保護條件和能力較弱，工業“三廢”和城市生活垃圾等污染擴散等問題仍然突出。
